日本當局在9月21日告訴成千上萬的人撤離受地震影響的石川縣地區，因為前所未有的降雨引發了洪水和山崩。土地部門官員小島勝（Masaru Kojima）表示，截至當地時間上午11點，該地區有十多條河流已經溢出河岸。當地官員表示，輪島市、珠洲市以及能登町已命令約44,700名居民撤離。日本氣象廳（JMA）表示，已對石川縣發布最高等級警報，警告出現威脅生命的情況。氣象廳預報員杉本聰對記者表示，警報區域正遭遇前所未有的強降雨，並補充道：“這是一個必須立即確保安全的情況。” 石川縣政府在一份聲明中表示，輪島市至少有一人失踪，許多建築物被淹沒，山體滑坡封鎖了部分道路。

日本公共廣播公司NHK播放了輪島市一整條街道被水淹沒的畫面。一位地方官員稍早表示，石川縣的三條河流正在溢出，湧入附近社區。消防和災害管理局表示，至少有一棟房屋遭遇山崩，但沒有提供更多細節。該局也表示，石川縣以北的新潟和山形兩縣的另有16,000名居民被告知撤離。輪島和珠洲位於日本中部的能登半島，是元旦地震受災最嚴重的地區之一，該地震造成至少236人死亡。

由於石川縣輪島市暴雨，河原田河接近河頂（圖片來源：Ishikawa Prefectural River Information System/AFP）